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Als Thomas und seine Freunde aus dem Labyrinth entkommen, finden sie sich in einer kargen, lebensfeindlichen Wüstenlandschaft wieder und sind unerträglicher Hitze ausgesetzt. Alle Menschen, denen sie begegnen, haben sich mit einem tödlichen Virus infiziert.

Die Rettung aus dem Labyrinth der Organisation WCKD erweist sich als tödliche Falle. Da die Jugendlichen immun gegen den "Brand", eine schreckliche Viruskrankheit, sind, will WCKD sie als Impfstoffspender nutzen, auch wenn es das Leben der Jugendlichen kostet. Gemeinsam mit seinen Freunden aus dem Labyrinth flieht Thomas aus den tödlichen Laboren in die unwirtliche Wüste, die das Lager umgibt. Ihr Ziel sind die Berge, dort soll die Widerstandsorganisation "Die schwarze Hand" ihre Basis haben. Doch der Weg durch die Brandwüste ist voller tödlicher Gefahren und auch in den eigenen Reihen lauert der Verrat.